Hola!
La página de KeepassX te lo explica en su página:
Citar
Originally KeePassX was called KeePass/L for Linux since it was a port of Windows password manager Keepass Password Safe. After KeePass/L became a cross platform application the name was not appropriate anymore and therefore, on 22 March 2006 it has been changed.
Básicamente son muy parecidos (KeePassX es un port de KeePass), excepto de KeePassX inicialmente se creó para Linux/OSX (Eso lo puedes ver incluso, en la página de KeePass). En la actualidad es multiplataforma y soporta Windows también.
Personalmente, uso KeePass (portable) pues estoy en Windows, pero
imagino que KeePassX no tiene nada que envidiarle.
Saludos!
PD: Uso la versión portable porque me permite llevar las pass a todos lados y, aparte, sirve como copia de seguridad (tengo una copia de la misma carpeta en el PC).