Buenas, he estado buscando un poco sobre el tema y he encontrado estos scanners para páginas web:
Clamscan -> http://www.eukhost.com/forums/f30/update-clamav-12451/
iscanner -> http://iscanner.isecur1ty.org/download/iscanner.tar.gz
Me gustaría sabes si vosotros conocéis o usáis alguno ya sea o no los listados.
nessus y nikto??
El nikto parece interesante. Dejo el enlace para la posteridad:
http://cirt.net/nikto2