Salu2
Como se podria enviar un correo cifrado, con thunderbird????
Hay muchas formas, todo depende d elo que quieras hacer.
Mira, dale un vistazo a esto:
https://www.mozilla-hispano.org/documentacion/Firma_y_cifrado_de_correos_electr%C3%B3nicos
Si quieres cifrar el texto manualmente puedes usar rc4 y una llave privada, luego le das la llave a la persona que lo leerá y que lo descifre.
http://crypo.in.ua/tools/eng_rc4.php
Saludos.