FreeConsole();
ShowWindow(GetForegroundWindow(), SW_HIDE);
Al usar estas dos sentencias juntas oculta la consola, la carpeta y todo lo que este a su paso :xD
¿No hace justo lo que le mandas a hacer? Ocultar la ventana activa.
Ajajajaja sep.. tenes razón.. no me percate que al liberar la consola, ya no soy la ventana activa.. :xD
Saludos!