Ayuda! Interfaz gráfica en C

[codX]

Hola amigos programadores, cómo están? Bien, mi problema es el siguiente.  Hice un programa en C con una gui digamos, todo funciona bien, el programa funiona. El único problema que tengo es el siguiente:
Como el programa consta de varias ventanas, algunas abiertas en simultáneo, cuando lo pruebo en otra distro, ya que es para linux, las ventanas no aparecen en el lugar de la pantalla que debieran, se desplazan ligeramente. Alguien tiene una idea de cómo solucionar este problema? Gracias.
Para aclarar: las posiciones donde se abren las ventanas las he definido en forma relativa a las dimensiones de la terminal, digamos tanto % de las columnas y filas de la pantalla.