Código [Seleccionar]
FILE *f;//f es nuestro fichero
f = fopen ("Matriz.txt", "r");
int matix[XX][YY];
f2=fopen("Salida.txt","w");
for (j=0;j<YY;j++)
for (i=0;i<XX;i++)
fprintf(f2,"%d ",matrix[i][j]);
fclose (f2);
yo probaria algo de este estilo, no estoy muy segura porque no soy ninguna experta (todo lo contrario)
pero esto lo adapte de un programita que me funciona, es de imagenes pero usa matrices asi que creo que va a andar