Deberias hacer una funcion que cambie los permisos del archivo solo para cambiar dicho archivo, una vez que lo cambies entonces regresas a los permisos que tenia antes pero con el nuevo nombre
Código (pseudo) [Seleccionar]
funcion renombra(nom1,nom2){
cambiaPermisos(nom1,0777); //como ejemplo xD
rename(nom1,nom2);
cambiaPermisos(nom2,0000);// o sea, no recuerdo como decir que sea solo lectura xDDDD pero pones asi los permisos
}