Ese error me a surgido muchas veces, utiliza YUMI Multiboot http://www.pendrivelinux.com/yumi-multiboot-usb-creator/ a mi me quito el fallo en la instalacion de kali, si el fallo persiste entra en un administrador de dispositivos (gParted por ejemplo) y formatealo, dale formato fat32, desmonta la unidad y desde una terminal utiliza el comando dd para clonar la ISO