He estado investigando un poco y parece que no es posible: Ejecutar en memoria una aplicacion externa desde un programa Java. ¿Es posible?
java sopota el uso de lenguaje dinamico
http://java.sun.com/developer/technicalArticles/DynTypeLang/
java soporta sockets
http://zarza.usal.es/~fgarcia/doc/tuto2/V_2.htm
java soporta rmi
http://www.slideshare.net/mejiaff/ejemplo-java-rmi
tambien puedes ejecutar comandos de consola
http://www.forosdelweb.com/f45/ejecutar-bat-desde-java-365662/