¿Existe la versión portable de estos programas?

[Ori-chan]

Hay una serie de herramientas que me gustaría poder almacenar en un pendrive para usar donde quiera, pero he buscado y no encuentro donde descargarlos.

John the Ripper
Nmap
Netcat
Nessus
Metasploit
Kisnet
Aircrack
Reaver

¿Donde puedo descargarlos?

[MinusFour]

¿Estas buscando aplicaciones portables y si es asi para que SO? Creo que algunas de esas necesitan ser instaladas. Puedes optar por Kali que viene con varias de las apps que mencionas, aunque es una gran diferencia entre tener los binarios sueltos a andar con una distro en una usb.

[Ori-chan]

¿Una máquina virtual portable con kali serviría?

[MinusFour]

¿Una máquina virtual portable con kali serviría?

Sí, aunque sería preferible que tuvieras el SO en directo para bootear desde la maquina yo diria. De todas formas, varias de las apps que mencionas si puedes conseguir su version portable (para win) por ejemplo:

JohnTheRipper

http://www.openwall.com/john/

John the Ripper 1.7.9 (Windows - binaries, ZIP, 2029 KB) and its signature

Nmap

http://nmap.org/book/inst-windows.html

Presta atencion a la parte de Command Line Binaries.

http://nmap.org/dist/nmap-6.47-win32.zip

Netcat:

https://eternallybored.org/misc/netcat/

Aircrack:

http://www.aircrack-ng.org/doku.php?id=downloads

Etc...