Script anti- inyesiones XSS

[sommer]

Hola amigos quiza sea algo ironico de esta publicacion honestamente pero puede ser de buena ayuda no hace mucho ( 2 dias ) estuve viendo una publicacion sobre javascript en el lado del hacking y vi sobre XSS y sus consecuencias  y estuve viendo ejemplos basico de ellos y decidi crear un pequeño programa en PHP que cada 2 hr se ejecutara en el servidor leendo los archivos del servidor y borrando algun archivo Scrpt o php no autorizado osea que no esten en un array de datos en una carpeta protegida etc etc okey la curiosidad y problema es que vi tambien que es posible inyectar javascript en el mismo archivo mi pregunta es esta:

EL SERVIDOR APACHE,ETC DETECTA ESE CAMBIO EN EL ARCHIVO OSEA LA PAGINA LA DEBE DEVOLVER EL CAMBIO DEL ARCHIVO O CUAL ES EL PROCESO INTERNO DE ESE SUCESO?

aunque igualmente estoy en este mundo de hacking estoy apenas creando un script contra eso pero lo ago en javascript basico porque aun esta en el comienzo del script

espero sus comentarios o opiniones


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