Lenguaje de programación para ejecutables

[kurotenshi]

Y después se puede hacer que se la imágen que aparece en los proyectos de java (la taza) desaparezca y cambiarla por otros.

Estoy quedando un poco enredado, si los programas como Jdownloader están creados en java, para que es C++ y cuales son sus diferencias?

//Edito

Por las aplicaciones que he visto, se podría decir?
C++ es para crear programas que corran en el cmd
Java corre en una plataforma virtual y se le puede crear de esa forma los bordes y darle un diseño diferente a cada aplicación

O de lo contrario, cuales son las diferencias entre estos sin contar en donde corren?

[[Case]]

Todo lo que puedes hacer en un lenguaje, se puede hacer en otro. Lo que cambia es su forma de implementar la solución.
El cmd tengo entendido que es una consola aparte parecido al prompt de UNIX.

Yo te recomiendo Java, por su sintaxis, que es mas sencilla a la hora de aprender, (desde mi punto de vista).
Existen varios lenguajes de programación por que la solución de un problema puede ser implementado de diferentes formas.
Prolog es un leguaje logico, por lo que lo único que implementas son hechos y reglas que se deben cumplir para que la solución sea tal.