Consulta Archivos en C

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Buenas, estoy aprendiendo C y tengo un ejercicio de la facultad a modo de "practica" para un parcial la semana que viene.
El problema que tengo es,tengo dos "bases de datos" binarias. Una contiene  numero de legajo de alumnos que rindieron examen de ingreso y notas. La otra base de datos contiene todos los legajos de los alumnos que se inscribieron y la carrera que eligieron.
EL problema esta en que tengo que mostrar cuantos eligieron ingenieria y cuantos de esos sacaron mayor de 4 en el examen.

Ya ordene ambas bases de datos por separado con respecto al numero de legajo. Y puedo hacer busquedas individuales sin ningun problema.
MI pregunta es como trabajar con las dos bases de datos al mismo tiempo, mientras filtre en una base de datos los estudiantes de ingeniera , obtener su numero de legajo y con ese numero fijarme en la otra base de datos si obtuvo mayor de 4.

[Nucleorion]

No tengo idea de como hacerlo pero como pasan los dias y no sale la solucion; quizas podrias ver si lo puedes hacer con threads. Solo se que con eso se crean varios "hilos" para que el ordenador haga varias cosas a la vez.

Otra opcion que se me ocurre pasa por no usar las dos a la vez, sino sacar el valor de la primera, guardarlo en variable, y operar con la segunda base de datos y la variable de la primera.

[fflush]

Buenas, gracias por responder. Olvidé mencionar que el problema ya esta resuelto y remonta a tu segunda sugerencia. Guarde los datos del primer archivo en un vector y luego fui comparando con mi segundo archivo. Salió en un abrir y cerrar de ojos, eso sí , luego de pensarla por horas jaja