Abrir "programa.sh" desde c++/LINUX

[j.programator]

Buenas!!
Quiero abrir una simulación desde mi programa de c++.Para ello he empezado probando la función system() y me lo abre pero no veo forma de que el usuario pueda decidir finalizar la simulación, y pesar de que lo meta en hilos no me cierra el proceso, y me acaba bloqueando la interfaz al cerrar el hilo. Parece ser que esa función crea un nuevo proceso, y se cierra automáticamente cuando se termina su función. Para comandos como "cd" o "ls" no hay problema, pero la simulación sería un bucle eterno.
También he probado con fork() pero me clona la interfaz así que tampoco me sirve. Y estoy echando un ojo a la familia exec() pero tampoco acabo de verlo muy claro.
Si alguno podría decirme de alguna función o algo se lo agradecería.
Un saludo!!

[RyogiShiki]

Seria bueno que nos dejaras algo de codigo para revisar, tambien es bueno que nos dijeras que framework estas usando, por ejemplo si es Qt entonces ese tiene algunas clases que son de utilidad para esta labor.

Saludos