A nivel de programacion en un script es mas simple... como ya tienes valores o registros en el campo... podrias crear una vista o otra tabla asi:
CREATE VIEW VISTA AS SELECT CONCAT('0',NOCONTROL), NOMBRES, APELLIDOS FROM ALUMNOS WHERE NOMBRES != 'MIGUEL';
Luego ya si en vez de una vista creas una tabla, podrias borrar la anterior y renombrar la nueva con el nombre de la anterior...
CREATE VIEW VISTA AS SELECT CONCAT('0',NOCONTROL), NOMBRES, APELLIDOS FROM ALUMNOS WHERE NOMBRES != 'MIGUEL';
Luego ya si en vez de una vista creas una tabla, podrias borrar la anterior y renombrar la nueva con el nombre de la anterior...

lo que ocurre es que en el caso de SQLite te guarda todo en 1 solo ficherito, sin embargo otras base de datos mas profesionales te subdividen los archivos en indices, data, etc.. para tener un mejor manejo de los mismos a la hora de realizar una consulta. (Por ejemplo MySQL tiene la facilidad de buscar datos guiandose nada mas del fichero de indices). Sin embargo SQLite como guarda todo en 1 solo fichero fisico (todo es data y indices) puede resultar la situacion que lea mas informacion para llegar al objetivo final porque el ficherito tiene mas info (Aunque esto mismo aplica para MySQL con sus archivos de InnoDB) 
y no tan relacionado con MySQL como tal (la tabla tiene el charset LATIN por lo que los registros deben tener acentos).
instalate wget en tu PC y bajate toda la web completa remota en tu PC. Ahora tendras que organizar todo para un excel y asi poder cargarlo en la DB.