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Deja esa parte como la colocaste al principio.
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lo que vas a ser es lo sig: recuerda que no colocaste el code completo.

en esta parte de code

Código (java) [Seleccionar] Expandir

public class Articulos001 {
static InputStreamReader isr = new InputStreamReader(System.in);
static BufferedReader br = new BufferedReader(isr);
static Articulos002 A2[]= new Articulos002[10]; //Inicializa esto de una vez, y no en el metodo main n(String[] args)
static int i = 0;
public static void main(String[] args) throws IOException {
String opcion;
int i=0;
for (i = 0; i < A2.length; i++)
A2[i] = null;

puff se me fue esa, bueno agrega la siguiente nueva line

Código (java) [Seleccionar] Expandir

for (int i = 0; i < A2.length; i++) {
if(A2[i]!= null) // Esta
if (A2[i].getclave().equals(clave)){

[Controldetienda]

Es por que no estas seteando los nuevos valores optenidos

Código (java) [Seleccionar] Expandir

static void modificar() throws IOException {
String clave, descripcion, marca, presentacion;
int mayoreo, menudeo;
int compra;
System.out.print("clave: ");
clave = br.readLine();
try{
for (int i = 0; i < A2.length; i++) {
if (A2[i].getclave().equals(clave)){
System.out.print("Nueva Clave: ");
clave = br.readLine();
A2[i].setclave(clave);
System.out.print("Nueva Marca: ");
marca = br.readLine();
System.out.print("Nueva Descripcion: ");
descripcion = br.readLine();
System.out.print("Nueva Presentacion: ");
presentacion = br.readLine();
System.out.print("Nueva Presio de compra:" + "$");
compra = Integer.parseInt(br.readLine());
System.out.print("Nueva Presio de menudeo:" + "$");
menudeo = Integer.parseInt(br.readLine());
System.out.print("Nueva Presio de mayoreo:" + "$");
mayoreo = Integer.parseInt(br.readLine());
Articulos003 aux = new Articulos003(marca, descripcion,presentacion, compra, menudeo, mayoreo);
A2[i] = new Articulos002(clave, aux);
}
}
}catch (Exception e) {
System.out.println("No existe ese registro");
}
}

Y sobre que no borre los datos,bueno veras tendras que modificar un poco de programa ya que no es bueno estar llamando varios main de una clase como lo estas haciendo tu, lo que tienes que hacer es creer un metodo que contenga lo que tienes en el metodo main de cada una de las clases, y llamar a ese metodo nuevo con las mismas funciones que tenias anteriormente en el main. Es en estas parte
de la clase Controldetienda
   

Código (java) [Seleccionar] Expandir

switch (opc) {
case 1:
Articulos001.main(args); // En vez de esto llamas el nuevo metodo de la clase
break;
          case 2:
Clientes001.main(args);// En vez de esto llamas el nuevo metodo de la clase
break;
          case 3:
Proveedores001.main(args);// En vez de esto llamas el nuevo metodo de la clase
break;
case 4:
Ventas001.main(args);// En vez de esto llamas el nuevo metodo de la clase
break;
case 5:
Compras001.main(args);// En vez de esto llamas el nuevo metodo de la clase
default:
}

Hola a todos, quisiera q me den ideas d como hacer un convertidor, en el cual yo ingrese un algoritmo en pseudocodigo y me lo tradusca a codigo de JAVA, les agradezco su ayuda de antemano =D

NO creo que sea una buena idea

Porque instancias objetos que no usas?

De seguro los usara mas adelante.
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Coloca los metodos de la sig manera en tu caso

Código (java) [Seleccionar] Expandir

static void buscar() throws IOException {
String clave;
System.out.print("Clave: ");
clave = br.readLine();
        try{
for (int i = 0; i < A2.length; i++) {
if(A2[i]!= null)
if (A2[i].getclave().equals(clave)){
System.out.println("Clave: " + A2[i].getclave());
Articulos003 dirTemp = A2[i].getA3();
System.out.println("Marca: " + dirTemp.getmarca());
System.out.println("Descripcion: " + dirTemp.getdescripcion());
System.out.println("Presentacion: " + dirTemp.getpresentacion());
System.out.println("Presio de compra:" + "$"+ dirTemp.getCompra());
System.out.println("Presio de menudeo:" + "$"+ dirTemp.getMenudeo());
System.out.println("Presio de mayoreo:" + "$"+ dirTemp.getMayoreo());
}
}
        }catch (Exception e) {
     System.out.println("No existe ese registro");
     e.printStackTrace();
        }
}
static void eliminar() throws IOException {
String clave;
System.out.print("clave: ");
clave = br.readLine();
try{
for (int i = 0; i < A2.length; i++) {
if(A2[i]!=null)
if (A2[i].getclave().equals(clave)){
A2[i] = null;
System.out.println("El registro ha sido borrado correctamente");
}
}
}catch (Exception e) {
System.out.println("No existe ese registro");
e.printStackTrace();
}
}

[psur]

No estas inicializando psur en el constructor

Un Saludo.

Yo llevo 2 años programando, actualmente tengo 19 entonces a los 17

Un Saludo.

[for]

Tu code tiene un manejo de excepciones un poco descuidado hee, te falta manejar muchas excepciones que pueden producirse.. bueno al grano en todos los ciclos for de  Articulos001 elimina el break; ha y en el metodo modificar
colocalo asi

Código (java) [Seleccionar] Expandir

static void modificar() throws IOException {
String clave, descripcion, marca, presentacion;
int mayoreo, menudeo;
char compra;
System.out.print("clave: ");
clave = br.readLine();
try{
for (int i = 0; i < A2.length; i++) {
if (A2[i].getclave().equals(clave)){
System.out.print("Nueva Clave: ");
clave = br.readLine();
System.out.print("Nueva Marca: ");
marca = br.readLine();
System.out.print("Nueva Descripcion: ");
descripcion = br.readLine();
System.out.print("Nueva Presentacion: ");
presentacion = br.readLine();
System.out.print("Nueva Presio de compra:" + "$");
menudeo = Integer.parseInt(br.readLine());
System.out.print("Nueva Presio de menudeo:" + "$");
menudeo = Integer.parseInt(br.readLine());
System.out.print("Nueva Presio de mayoreo:" + "$");
mayoreo = Integer.parseInt(br.readLine());
}
// break;
}
}catch (Exception e) {
System.out.println("No existe ese registro");
}

Igual tienes que agregar el try catch en todos los metodos

Y es muy claro que cuando intentas volver a la principal se te reinicia todo ya que estas cargando de nuevo el main

En el main solo has de crear la instancia he iniciar con start(); y donde dices en el comentario que hay va el code haslo mejor separado, es decir el main aparte y el keylogger otra clase, o seguramente creaste mal la lib ya que te compila pero en si puede estar mal generada y no lo sabes ,asi que verifica que copiaste bien el code de la cabecera .h

Un Saludo.

Este post ya deberia estar en la papelera