La ruta interna será la ruta donde los guardaste y debería ser eso lo que se guarde en la base de datos, y no solo el nombre del fichero. Normalmente debería ser una carpeta y un fichero alojados en una carpeta "pública" de la cual los usuarios puedan acceder sin pasar por la aplicación web y si por medio de una url (podrías usar $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]). La url será la ruta externa que me imagino es a lo que te refieres, en ella simplemente debería bastar el dominio y la carpeta donde alojaste el fichero.
En resumen, almacena los documentos en la base de datos con la ruta después del public_html o la carpeta local que has definido como "pública" y luego para usarla en el enlace usa esa ruta más el dominio y listo.
En resumen, almacena los documentos en la base de datos con la ruta después del public_html o la carpeta local que has definido como "pública" y luego para usarla en el enlace usa esa ruta más el dominio y listo.