Usa banderas. Por ejemplo, una vez que encuentresun salto de línea usa una variable y la pones a 1. Luego si lee un caracter que no sea un espacio pones esa variable a 2. Si al encontrar otro salto de línea la variable esa, la bandera, sigue a 1 significará que esa línea anterior estaba vacía y de lo contrario que contenía algo. Si la finalidad es descartar las líneas vacías usa un contenedor temporal y luego vuelcalo donde quieras en el caso de contener algo, usa un bucle si eres novato (existe funciones para copiar bloques de memoria, pero hay que usar punteros).