Por cierto, miré la hoja del datasheet, tienes 2 timers/counts configurables a 8 o 16 bits. Por otra parte, me he informado mejor de este dispositivo y por lo que entiendo tu problematica es la conexión USB.
Yo la verdad, en USB no he grabado micros, ya que tengo un grabador para pics mediante puerto serie, y un grabador para Atmel por puerto paralelo que me fabriqué yo.
La idea de integrar el grabador en el propio dispositivo (micro) es buena pero lo limita solo a practicar, que imagino que es tu objetivo. Creo que tu problema es que el micro tiene el sistema de grabacion "onchip" y tienes un programa en C y una explicacion en ingles y no te aclaras.
Lo que te recomiendo, es que si quieres aprender sobre Atmels, es que te hagas un grabador para atmel y compres algun micro Atmel ya que todos descienden del 8051 con un assembler de Intel, que eso acostumbrarte son 2 dias. Programarlos en C por eso tampoco es dificil. El que te recomiendo que es el que he usado mas es el: AT89C51 que tiene 4 puertos, interrupciones, temporizadores, posibilidad de memoria externa y no es nada dificil de utilizar.
Ademas puedes hacer el programa en C con el CCS por ejemplo y el HEX subirlo con icprog o algun entorno similar.
Lo digo porque el kit este que utilizas, estará muy bien, pero creo que es una pena que pierdas el tiempo mirando como grabar el micro, cogete por ejemplo el modelo que te recomendado ya que la utilización es la misma que los pics que usas.
Eso si, te tocará mirar los registros, banco de memoria,sintaxis de programacion, pines..ya que es arquitectura intel,pero eso te puedo ayudar.
Aquí te dejo esquemas de grabadores para atmel parecido al que monté yo, ya que los comerciales són muy caros, pueden llegar hasta los 3mil euros y no merece la pena comprar uno.

Si encuentro el esquema del mio te lo pongo o envio para que lo tengas.
Yo la verdad, en USB no he grabado micros, ya que tengo un grabador para pics mediante puerto serie, y un grabador para Atmel por puerto paralelo que me fabriqué yo.
La idea de integrar el grabador en el propio dispositivo (micro) es buena pero lo limita solo a practicar, que imagino que es tu objetivo. Creo que tu problema es que el micro tiene el sistema de grabacion "onchip" y tienes un programa en C y una explicacion en ingles y no te aclaras.
Lo que te recomiendo, es que si quieres aprender sobre Atmels, es que te hagas un grabador para atmel y compres algun micro Atmel ya que todos descienden del 8051 con un assembler de Intel, que eso acostumbrarte son 2 dias. Programarlos en C por eso tampoco es dificil. El que te recomiendo que es el que he usado mas es el: AT89C51 que tiene 4 puertos, interrupciones, temporizadores, posibilidad de memoria externa y no es nada dificil de utilizar.
Ademas puedes hacer el programa en C con el CCS por ejemplo y el HEX subirlo con icprog o algun entorno similar.
Lo digo porque el kit este que utilizas, estará muy bien, pero creo que es una pena que pierdas el tiempo mirando como grabar el micro, cogete por ejemplo el modelo que te recomendado ya que la utilización es la misma que los pics que usas.
Eso si, te tocará mirar los registros, banco de memoria,sintaxis de programacion, pines..ya que es arquitectura intel,pero eso te puedo ayudar.
Aquí te dejo esquemas de grabadores para atmel parecido al que monté yo, ya que los comerciales són muy caros, pueden llegar hasta los 3mil euros y no merece la pena comprar uno.

Si encuentro el esquema del mio te lo pongo o envio para que lo tengas.