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-como que para que lenguaje el nombre lo dice todo JavaCompiler  
-base de datos dinamia eso no tiene sentido mejor sacas toda la información deferente de las clases con reflexion nuca tengas varias fuentes de datos para una misma cosa
-pensar en el coloreo y y en el autocompletado es demasiado
-tienes que hacerlo con pequeñas iteraciones te sugiero que primero se pueda ingresar un texto median te un gui que logre compilarlo y en caso erro neo que logre diagnosticar el error tener en cuenta que para hacer esa simple funcionalidad tendrias que hacer un monton de clases con una uncia responsabilidad bien definida si no vas a poder entender y se te va a hacer una mazamorra tu codigo

seria bueno que aprendas como leer la documentacion de java y que tengas los conceptos claros
te recomiendo que lo agas en la ultima version de java y que le dees un vistaso a la clase javax.javaCompiler asi como tambien ToolProvider y todas sus dependencias son muchas el JavaCompiler depende como de ocho clases cada una dependen de otras ya te imaginas que son muchas
http://download.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/tools/JavaCompiler.html
asi como tambien que le des una ojeada a swing y opcionalmente si puedes algun libreria para hacer docking(acomodar las ventanas de una forma mas profesional no a mano)
ademas recomiendo la simplisidad por sobre todo e aprendido que las soluciones espectaculares no sirven ademas lee sobre las metodologias recomiendo que practiques la programacion extrema(extreme programing) devido a que es simple y rapida y divertida la tradicional si que es muy aburrida si la practicas te vas cansar muy rapido

por que uyen tanto a la lectura que no cuesta nada
no se de donde saco esa clase Main no es estandar ni tanpoca explica como la obtubo la otra el mismo la iso y solo tienes que buscarla en su pagina
pero encontre otra solucion usando la interfas javacompiler estandar de java pero solo es para la ultima version la 6 (a proposito parece que la 7 va a salir cuando los cerdos vuelen)

pero es tan dificil buscar?
http://www.java2s.com/Code/Java/JDK-6/CompilingfromMemory.htm

encontré algunas clases que se ocupan pero tiene el problema de que usa esas clases sin documentación (las odio)esas  de com.sun son estándares pero casi nadie las usa y son muy rebuscadas

http://mindprod.com/jgloss/onthefly.html

Si pero mi duda va mas haya del archivo ejecutable ahora, lo que yo cuestiono es porque hacer un programa en Java si se puede hacer en otro lenguaje y compilarlo en código nativo de los sistemas operativos, serian mucho mas rápidos y eficientes.

por que tendrían que hacer absolutamente todo desde el principio para cada sistema operativo
si me explicas como pasar de código fuente a ejecutable nativo sin reescribir nada(con todas las ventajas que trae)  jamas vuelvo a programar en java espeto que no encuentre ni documentación o que sea una solución propietaria muy cara

hay un monton de sitios donde se explica como se hace eso solo es cuestion de buscar primero intentalo y si no puedes pasa explica pon tu codigo y te explicamos por que no funciona
aqui esta el link don de explica como hacerlo pero recuerda que no es tan dificil encontrar el link

http://www.chuidiang.com/java/mysql/resultset_jtable.php

el desarrollador no borrar su codigo fuente ni sus archivos complilados ni pierde la posibilidad de distribuidir reusarlo ni editarlo simplemente por que crea un nuevo archivo que tenga la extension exe
el desarrollador distribuye el exe y hace lo que quiera con su codigo fuente si quiere lo regala lo bota lo reutiliza pero sigue teniendo el control es mas si quiere saca una nueva version en rpm para linux

los usuarios que no son informaticos les interese un comino el java su jdk su jre su multiplataforma por que simplemente no saben que existe lo unico que quieren es algo que se cumpla con sus requerimientos es por eso que hay versiones en exe para que los no informaticos entiendan que es un ejecutable que solo basta con acer doble clik y magicamente funcione en caso de erro les salte una ventanita que les diga que el programa tiene un requisito y que les ayude a instlarlo

el de deitel deitel pensando en java son los mas recomendados para empezar
en realidad cualquier libro que te ofresca buenos fundamentos teoricos y con un monton de practica que tu la termites conpleta es bueno
no te conpres cualquier libro que diga algo como java en 4 horas o que diga peor sea un experto en java con el ide x en menos de una semana
por ningun motivo te compres un libro que este lleno de ventanitas de esas que sienpre son soguiente siguiente siguiente busca el que tenga teoria regular y que te deje muchisimos ejenplos y problemas
recomiendo inmediatemente termines de leer el libro leas el libro efective java y que aprendas a hacer tdd lo mas rapido posible
un tema muy aparte es que jamas esperes la gran cosa de nadie no bale la pena la desilucion igual los silabos de cualquier universidad inebitablemente estan muy atrasodos(si no estan atrasados dentro de unos meses ban a estarlo) y toman los temas muy a la ligera que solo te eneñan a sumar 2 + 2

tienes que usar jni

Varias cosas
-tuviste una excelente iniciativa al comenzar a programar sin ide no hay nada mejor porque estoy seguro que sabes lo que significa compilar como se compila y como se escribe un método main
Créeme te puedo asegurar que muchos incluso gente con "experiencia" no saben nada de lo que menciono anteriormente y confunden el jdevloper(ide) con java creen que se programa diferente en netbeans y en eclipse y no entiende lo que ellos mismos hacen
-quiero dejar una cosa en claro no soy un experto en ubuntu
Para instalar algo solo tienes que descárgate el programa pero tienen que tener la extensión .rpm y lo instalas usando las ventanitas parecido en windows no es necesario linea de comandos por si acaso la instalación por líneas de comandos en linux es

Código [Seleccionar] Expandir

rpm -ivh /rutaDelArchivoConExtensionRpm
-la instalación de los ides no tiene nada del otro mundo primero te aseguras instalando el jdk luego instalas el ide (netbeans por ejenplo) le das siguiente a todo y él solito se configura no tiene por qué ser difícil ni generar fallos si solo es poner next a todo seguramente genera fallos porque tu as malogrado algo por tratar de tocar algo que no debes en ese caso simplemente reinstala todo en el peor de los casos el so también
-es genial que seas curiosa eso es bueno si sabes cómo funciona las cosas por dentro y conoces sus entrañas puedes repara o mejorar lo que quieras en cambio los que no lo saben y se limitan a usar los wizar y pensando que eso es programar no pueden hacerlo generar código difícil de mantener y entender y lo peor es que son inconscientes de lo que hacen
-me pregunto es tan difícil buscar información te paso un truco basta que pongas en youtube lo que quieres y es muy probable que este ahí también tienes que tener en cuenta que google no muerde
http://www.youtube.com/watch?v=PA7KKB_5ZEs
-sobre las librerias no puede existir cosa mas sinple si ya estas trabajando con ide le das click derecho sobre donde dise librerias o libraries y le das agregar y te sale una ventana para que esojas y te olvidas de configuraciones dificiles el ide te lo hace todo incluso eso del path