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ni siquiera te funciono el de arriba? o esta mal adaptado?

si el primero funciona, entonces adaptalo a tu proyecto.. si no, decime que error te da e intenta debuguear para buscar el error

supongo que se puede hacer tratandolo siempre como byte, pero por que si asi es mas simple?

lo que quiere es programar uno el, osen no es opensource 

encontre la solucion en tratarlo como string y pasarlo a byte despues de la division.. hice este code para probarlo (uso demasiadas variables pero si queres ahorrar memoria fijate vos..)

Código (vb) [Seleccionar] Expandir

Private Sub Form_Load()
Dim nFile As Integer
Dim Contenido As String
Dim ContenidoMedio() As String
Dim ContenidoFinal() As Byte

Contenido = "asdasdsadSEPARADOR123456"

ContenidoMedio = Split(Contenido, "SEPARADOR")

ReDim ContenidoFinal(Len(ContenidoMedio(1)))

ContenidoFinal() = ContenidoMedio(1)
   
MsgBox ContenidoFinal
End Sub

y adaptado a tu code seria algo asi..

Código (vb) [Seleccionar] Expandir

Dim nFile As Integer
Dim Contenido As String
Dim ContenidoMedio() As String
Dim ContenidoFinal() As Byte
nFile = FreeFile
Open ruta For Binary As #nFile
        Contenido = Input(LOF(Free), #Free)
Close #nFile

ContenidoMedio = Split(Contenido, "SEPARADOR")

ReDim ContenidoFinal(Len(ContenidoMedio(1)))

ContenidoFinal() = ContenidoMedio(1)