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Claro, vamos por partes:
1. el protocolo IP funciona a nivel de la capa de ENLACE en el modelo OSI, es decir, donde se tratan direcciones MAC y temas de enrutamiento, por lo tanto IPv4/IPv6 se centran exclusivamente en dicha capa
2. Protocolos como TCP, ARP, UDP, ICMP, etc. funcionan a nivel de la capa de TRANSPORTE en el modelo OSI, donde se tratan temas tales como direcciones puertos, servicios, direcciones IP, etc.

Es decir, no mezcles peras con mazanas y fíjate en el modelo de referencia OSI TCP/IP, seguro que se te aclararán muchas dudas.

OjO. el protocolo IP funciona en la capa 3 de "RED" del modelo OSI y su PDU es PAQUETE ó DATAGRAMA.

Espero que no sea demasiado tarde, yo tube una buena opinion de un programa llamado sarg (para linux), es un generador de informes de los sitios de internet visitados por los usuarios, este programa funciona teniendo configurado un proxy, yo tenía configurado squid y los equipos los "pasaba" a todos por el proxy.

Actuliza el firmware, si no resulta, comprate otro.

X2.

Con sus virtudes y defectos Packet Tracert es lo más indicado, si bien es cierto GNS3 es un emulador bastante bueno, es  limitado a la hora de trabajar con Switch.