Simplemente usa drives differentes para cada instalación. Las nuevas PCs que usan UEFI no usan MBR, permiten multiples loaders y todos los loaders van en una partición especial que mientras no la toques no tienes ningún problema. Windows 10 por lo menos no hace nada raro con los loaders, lo que si podría hacer es restablecerse como el loader de preferencia en cada booteo, no se si habrá alguna forma de cambiar este comportamiento.
Pero incluso si todavía usas MBR, puedes tener GRUB en el otro drive y así cada uno tiene su loader y windows no debería hacer nada raro con el MBR del otro drive ni Linux con el MBR de Windows en el otro drive (a menos que tu quieras poner GRUB en ambos drives).
Pero incluso si todavía usas MBR, puedes tener GRUB en el otro drive y así cada uno tiene su loader y windows no debería hacer nada raro con el MBR del otro drive ni Linux con el MBR de Windows en el otro drive (a menos que tu quieras poner GRUB en ambos drives).