Creo que el instalador deberia permitirte particionar tu segundo disco duro y agregar la regla de montado para /home. Si no, deberias poder hacer el particionado manualmente con gparted o similar una vez en Mint.
Mira, aqui como particionar manualmente:
http://forums.linuxmint.com/viewtopic.php?t=122276
Mira, aqui como particionar manualmente:
http://forums.linuxmint.com/viewtopic.php?t=122276