Los binarios que distribuyen las dos distros pueden ser muy diferentes no solo los paquetes. Diferentes versiones, diferentes opciones de compilado y por ende manejan dependencias de forma diferente. Las configuraciones pueden tambien ser muy diferentes, las rutas de los archivos tambien pueden ser diferentes y hasta tienen algunos programas diferentes para manejar las configuraciones. Manejan updates de seguridad de diferente forma... Los kernels tambien pueden estar configurados de diferente forma, etc.