Tu código funciona, estas guardando todas las variables concatenadas aqui:
Si quieres separarlas:
Obviamente, el orden las variables determina el orden en que se escriben al archivo de texto.
Código (php) [Seleccionar]
fwrite($file,$nombre.$apellido.$carrera.$materia);
Si quieres separarlas:
Código (php) [Seleccionar]
fwrite($file,"$nombre $apellido $carrera $materia");
Obviamente, el orden las variables determina el orden en que se escriben al archivo de texto.