Yo lo pondria en el xorg.conf en /etc/X11/xorg.conf:
Casualmente yo tengo las configuraciones de mis monitores dentro de /etc/X11/xorg.conf.d/ en un archivo que se llama: "99-monitors.conf".
Código [Seleccionar]
Section "Monitor"
Identifier "VGA-0"
ModeLine //Aqui pegas la linea entera de tu ModeLine del comando CVT (o GTF).
Option "PreferredMode" "NombreDeTuModo/E.g.1280x1024_60.00"
EndSection
Casualmente yo tengo las configuraciones de mis monitores dentro de /etc/X11/xorg.conf.d/ en un archivo que se llama: "99-monitors.conf".