pues yo no se nada de python,pero me juego el cuello a que el problema es por el "py2exe", muchas de esas utilidades para compilar dan fallos... yo te recomiendo que uses algo más confiable como el ExeScript, pruebalo a ver...
EDITO: SI puedes cambiar el instalador, podrías probar con el de NSIS...
saludos
EDITO: SI puedes cambiar el instalador, podrías probar con el de NSIS...
saludos