La verdad no se me ocurre nada y es bastante curioso lo que dices, yo también me hubiese jugado por una infección del lado del proveedor, pero no tiene sentido si lo único que hay en común entre esos tres servidores eres tú.
Y no tienes acceso de shell a los servidores?
Prueba revisando tu pc con otro AV
http://foro.elhacker.net/software/cds_autoarrancables_de_recuperacion_para_casos_de_emergencia-t204137.0.html (ahí tienes unos booteables)
[Edito]
Ahora viendo tu respuesta si noto un pequeño detalle. Hace algunos días salió a la luz que Filezilla guarda las credenciales en texto plano, por lo que una función "útil" para un "bicho" es buscar los ficheros de este programa ... http://bit.ly/owLeNo
Yo que tú probaría cambiando las contraseñas
Saludos
Y no tienes acceso de shell a los servidores?
Prueba revisando tu pc con otro AV
http://foro.elhacker.net/software/cds_autoarrancables_de_recuperacion_para_casos_de_emergencia-t204137.0.html (ahí tienes unos booteables)
[Edito]
Ahora viendo tu respuesta si noto un pequeño detalle. Hace algunos días salió a la luz que Filezilla guarda las credenciales en texto plano, por lo que una función "útil" para un "bicho" es buscar los ficheros de este programa ... http://bit.ly/owLeNo
Yo que tú probaría cambiando las contraseñas
Saludos