Le agregué el pause al final del script y cuando lo ejecuté me apareció esto:
! REG.EXE VERSION 3.0
HKEY_CURRENT_USER\software\microsoft\FFScript
ECHO está desactivado.
Presione una tecla para continuar . . .
! REG.EXE VERSION 3.0
HKEY_CURRENT_USER\software\microsoft\FFScript
ECHO está desactivado.
Presione una tecla para continuar . . .
, no sé si habrá algún error con algún paréntesis o algo, sinceramente no tengo idea. Pero le coloqué la ruta donde tengo el prefs.js que quiero poner con la configuración del proxy dejándolo así y no funcionó 
, pero ahora enfrento otro problema