En segundos no restastes los correspondientes a minutos y horas. El resto estaba O.K:
Código (c) [Seleccionar]
#include <cstdlib>
#include <iostream>
using namespace std;
int main(int argc, char *argv[])
{
int hin,min,seg,segsum;
int soloSegundos,hOut,mOut,sOut;
//capturar en la pantalla los datos
cout<<"Digite la hora (24hrs): ";
cin>>hin;
cout<<"Digite los minutos: ";
cin>>min;
cout<<"DIgite segundos: "<<endl;
cin>>seg;
//Calculo todo en seg
soloSegundos = hin*3600+(min*60)+seg;
cout<<"Digite los segundos a sumar: ";
cin>>segsum;
soloSegundos += segsum;
hOut = soloSegundos / 3600;
mOut = ((soloSegundos /60)-(hOut*60));
sOut=(soloSegundos-(mOut*60)-(hOut*3600));
cout<<"Horas: "<<hOut;
cout<<" Minutos:" <<mOut;
cout<<" Segundos: "<<sOut<<endl;
system("PAUSE");
return EXIT_SUCCESS;
}