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Hola, estoy haciendo un programa que va a tener un montón de opciones y cifrados distintos.

Primer problema: Tengo un control EDIT de una linea por el cual quiero obtener el input del usuario en una variable int. Para posteriormente hacer la llamada al cifrado. De momento tengo los numeros e...

TL;DR

Deberias tratar de ser mas concreto acerca de sobre cual es el problema que estas experimentando.
Es dificil que alguien te ayude si escribes un texto tan largo donde agregas demasiados detalles sobre tu programa que son innecesarios para exponer el problema.

Como dijo el compañero mas arriba, si no sabes como hacer X cosa lo primero que debes hacer es revisar la documentacion (la API de Windows esta muy bien documentada).

Cuando tengas algun tipo de problema y quieras exponerlo, es recomendable armar un test-case, es decir, un pequeño programa que replique el problema original. De esta forma no debes publicar el codigo completo y la gente que quiera ayudarte podra entender cual es el problema al instante sin tener que entender o leer el codigo completo.

En base al titulo, parece que lo que buscas es:

Código [Seleccionar] Expandir

UINT GetDlgItemInt(
  HWND hDlg,
  int  nIDDlgItem,
  BOOL *lpTranslated,
  BOOL bSigned
);

The GetDlgItemInt function retrieves the text of the specified control by sending the control a WM_GETTEXT message. The function translates the retrieved text by stripping any extra spaces at the beginning of the text and then converting the decimal digits. The function stops translating when it reaches the end of the text or encounters a nonnumeric character.

(La documentacion esta en castellano tambien)