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El único problema que tuve con el registro fue bucles infinitos al dumpear en C++ por las claves redirigidas.

Por lo demás...

¿Solo es <esa> sub-clave, o es cualquiera en Run?
Si es cualquier ane Run... ¿te funciona para claves en otros lugares?

Insisto, el único "factor" es CLOCKS_PER_SEC, que para eso existe.
Multiplicar por 1000, da milisegundos. multiplicar por 100, centisegundos.

Si en tu compilador o sistema no funciona así, habrá que analizar por qué. Poner un coeficientes que cuadre no es una opción lógica.

Prueba si quieres en otro PC, en otro SO o en una máquina virtual para ver el resultado que debiera dar.

¿Qué valor da clock()-comienzo en una diferencia aproximada de 1 segundo? En entero, sin coma flotante.

En Windows, suele ser CLOCKS_PER_SEC = 1000, y en Unix = 1000000. clock también retorna un valor acorde a estas cantidades y correcto.

1. ¿Qué valor tiene CLOCKS_PER_SEC en tu SO?
2. ¿Qué SO es?
3. ¿El valor retornado por tu clock() va en el rango de los milisegundos o de los microsegundos? ¿Otro quizás?

Eso son centisegundos, no segundos.

¿Probaste con ambas opciones, KEY_WOW64_64KEY y KEY_WOW64_32KEY en RegDeleteKeyEx?
No vaya a ser una clave redirigida.

¿Con regedit puedes?

Si tal, prueba a borrar con RegDeleteTree.

Utiliza FormatMessage para ver el error que lanza. Guarda el retorno en una variable en vez de ponerlo directamente en wl if.

Y recuerda que el último parámetro de RegDeleteKeyEx es reservado y debe ser NULL.

Si la DLL está compilada en cualquier lenguaje compilado (por ejemplo, C), no podrás ver el código fuente.