El .htaccess es solo una cara de la moneda, revisa BIEN tus archivos php, puede que hagas include a algun script que no hallas revisado con detalle y tiene alguna referencia a ubbylys.ru. Lo mas probable es que sea algun pedazo de código ofuscado que muestre un javascript maligno así que dales una buena ojeada.
Si no encuentras nada raro en las fuentes, usa tamper data o live http headers para firefox y ve como se hacen los request desde tu pagina, capaz te ayude a ver donde están localizados los script maliciosos.
Offtopic : Últimamente están de moda los crackers rusos y chinos defaceando por ahí
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