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Si, estás en lo cierto.

Ahora no por ser clase hija, no siempre se podrá acceder a todo de la clase padre. Existen unos modificadores que definen la privacidad del objeto. Si una variable tiene un modificador en private, la clase hija nunca podrá acceder a este valor (por lo menos no directamente).

Espero que te haya quedado claro.

[commons-cli-1.2.jar;.]

¡Encontré el problema!

Y pido mil disculpas, fue un error mio que pase por alto


java -cp commons-cli-1.2.jar;. CalculadoraCLI


En la configuración del classpath debes especificar buscar en el directorio actual (el punto), ya que solo buscaba en la biblioteca de commons-cli.

Ups!!


PS: Otra cosa, el orden influye también.

Java [Opciones] MainClass
Si lo dejas al revés te dará error también.

Saludos!!

[PS: Ojo!!!! para invocar o ejecutar una clase solo debes hacer "java CalculadoraCLI"]

Bueno postea tu clase y el código del error completo, para observar el problema.


PS: Ojo!!!! para invocar o ejecutar una clase solo debes hacer "java CalculadoraCLI" sin .java ni .class

[sin aplicar ninguna seguridad ni comprobar tipos]

Creo que tu pregunta va más dirigida con lo que ocurre con la memoria, más que con la herencia en sí.

Bueno como bien sabes existen los tipos primitivos (int, char, byte) y los objetos.
Enfocándonos a los objetos, estos no son como los structs en C. Para partir todos los objetos en realidad son punteros (nada nuevo si vienes de C o C++) entonces sin aplicar ninguna seguridad ni comprobar tipos aplicaciones como estas son completamente validas String a = new Integer(10) o Integer b = new String("hola") esto es debido porque ambos son punteros y su tamaño en memoria son 4 bytes (depende arquitectura el tamaño del puntero). Sin embargo, el área de la memoria que apuntan puede ser diferente.  Esto es solo un ejemplo actualmente y desde siempre hacer que un objeto tipo String apunte a un objeto Integer es imposible.

¿Que pasa con la herencia? En la herencia, los objetos de clases padres pueden apuntar (como punteros) a objetos de las clases hijos (pero no viceversa). Esto es debido porque la clase hijo incluye a la clase padre.

Bueno espero que te haya quedado un poco más claro. Si no seria bueno que estudies más sobre encapsulamiento y herencia.

Saludos

Ojo que el nombre "TuClaseConCli" es solo un ejemplo.

Recuerda para ejecutar una clase debes usar "java" y debes indicarle cual es la clase que contiene el metodo main.

Código (java) [Seleccionar] Expandir


/* File: TuClase.java */
public class TuClase
{
  //debe tener este metodo, poder invocarlo desde el comando java
public static void main(String args[])
{
  //tu codigo...
  System.out.println("Tu codigo");
}
}

C:\ java TuClase

Saludos!

Bueno... primero que nada debes tener commons cli descargado, no crees?
http://commons.apache.org/proper/commons-cli/
http://commons.apache.org/proper/commons-cli/download_cli.cgi

y luego para compilar debes hacer esto.

javac TuClaseConCli.java -cp commons-cli-1.2/commons-cli-1.2.jar

y luego para ejecutar haces lo mismo
java TuClaseConCli -cp commons-cli-1.2/commons-cli-1.2.jar

¿Te sirve?

Código [Seleccionar] Expandir

C:\Users\User>javac
Usage: javac <options> <source files>
where possible options include:
  -g                         Generate all debugging info
  -g:none                    Generate no debugging info
  -g:{lines,vars,source}     Generate only some debugging info
  -nowarn                    Generate no warnings
  -verbose                   Output messages about what the compiler is doing
  -deprecation               Output source locations where deprecated APIs are u
sed
  -classpath <path>          Specify where to find user class files and annotati
on processors
  -cp <path>                 Specify where to find user class files and annotati
on processors
  -sourcepath <path>         Specify where to find input source files
  -bootclasspath <path>      Override location of bootstrap class files
  -extdirs <dirs>            Override location of installed extensions
  -endorseddirs <dirs>       Override location of endorsed standards path
  -proc:{none,only}          Control whether annotation processing and/or compil
ation is done.
  -processor <class1>[,<class2>,<class3>...] Names of the annotation processors
to run; bypasses default discovery process
  -processorpath <path>      Specify where to find annotation processors
  -d <directory>             Specify where to place generated class files
  -s <directory>             Specify where to place generated source files
  -implicit:{none,class}     Specify whether or not to generate class files for
implicitly referenced files
  -encoding <encoding>       Specify character encoding used by source files
  -source <release>          Provide source compatibility with specified release

  -target <release>          Generate class files for specific VM version
  -version                   Version information
  -help                      Print a synopsis of standard options
  -Akey[=value]              Options to pass to annotation processors
  -X                         Print a synopsis of nonstandard options
  -J<flag>                   Pass <flag> directly to the runtime system
  -Werror                    Terminate compilation if warnings occur
  @<filename>                Read options and filenames from file

Ojo con javac compilas...
javac *.java -cp path/to/classpath;path/to/library.jar

Espero que te sirva.
Saludos!

¡Excelente!

Sabia que algo andaba mal, pero no sabia que era sin embargo como estaba con otro asunto no le realicé las pruebas necesarias.

Al parecer esta expresión (GGCC|GGTACC|TGATCA)+ soluciona tu problema, si no lo soluciona prueba acá primero http://gskinner.com/RegExr/

Bueno tu dices que tienes 4 años metido en la cabeza en Regex, te creo y apoyo tu punto de vista. A mi sin embargo me han ayudado bastante en este ultimo año en cualquier ámbito, aunque siempre trato de mantenerlas lo más simples posibles. (Es más fácil encontrar un bug evidente). Lo que si he trabajado bastante en este ultimo año con gramáticas, y las ER que utilizo son bastante simples en comparación a las tuyas (especulando).

Saludos!

PS: No entiendo porque no funciona... siendo que en mi cabeza compilaba. Aún sí me parece extraño mi primera corrección de la ER.

**coff** **coff*

Programación dinámica

**coff** **coff*

Apoyo a Yoya, pero como todas las cosas tiene un pero.
DOCUMENTACIÓN, documentar el código sirve bastante.
Y aunque suene como matar una mosca con un cañón, uno puede utilizar una gramática más alta dentro de la Jerarquía de Chomsky para solucionar los problemas. (buscar Antlr, JavaCC, etc..)

Bueno el problema está en:
Pattern patEnzimas= Pattern.compile("[[GGCC]*|[GGTACC]*|[TTCGAA]*|[TGATCA]*]+");
LO ESTÁS DEFINIENDO MAL!
Al utilizar [] estás definiendo una clase o un grupo. Lo que hace es hacer match a lo que se encuentre definido dentro de los corchetes [] (así los llamamos acá).
en tu caso lo más correcto seria utilizar esto

Código [Seleccionar] Expandir


((GGCC)*|(GGTACC)*|(TGATCA)*)+



Saludos!