ya entendi tu problema. 
ya ahora si.
cuando tu escribes un archivo, primero la computadora lo abre pero en el principio de tal osea lo abre al principio del cuarderno(supongamos que un cuaderno es un archivo), y cada vez que lo abres, lo abres al principio, tu tienes que decirle a la computadora que tienes que abrir la ultima pagina (que esta en blanco) y ahi escribir.
si no me equivoco, la clase que hace esa maravilla es la RandomAccessFile pero hay que hacerle algunas modificaciones a ella, pero te permite cambiarte a la ultima pagina, (ademas de otras cosas como leer y escribir).
te la clase modificada:
bueno si me equivoque en algo avisa pero esencia es eso, ultimamente estado solo jugando y nada de programacion
bueno espero que te aya sido te ayuda adios
aqui esta el api
http://java.sun.com/j2se/1.5.0/docs/api/java/io/RandomAccessFile.html

Código (java) [Seleccionar]
writer = new FileWriter( "clientes.txt" );
buffer = new BufferedWriter(writer); //cual s la gracia de crear un buffer si no lo vas a usar
output = new PrintWriter(writer);
ya ahora si.
cuando tu escribes un archivo, primero la computadora lo abre pero en el principio de tal osea lo abre al principio del cuarderno(supongamos que un cuaderno es un archivo), y cada vez que lo abres, lo abres al principio, tu tienes que decirle a la computadora que tienes que abrir la ultima pagina (que esta en blanco) y ahi escribir.
si no me equivoco, la clase que hace esa maravilla es la RandomAccessFile pero hay que hacerle algunas modificaciones a ella, pero te permite cambiarte a la ultima pagina, (ademas de otras cosas como leer y escribir).
te la clase modificada:
Código (java) [Seleccionar]
public class AppendFile extends java.io.RandomAccessFile {
//Closeable, DataInput, DataOutput tb implementa para completar tu trabajo
public AppendFile (String name, String mode) {
super (name,mode);//solo son contructores no hare nada aqui
}
public AppendFile (File file, String mode) {
super (file,mode);//solo son contructores no hare nada aqui
}
public void setPosFinal(){ //aqui lo que hago es posisionarme al final
this.seek(this.length()); //el this es innecesario pero te lo dejo igual
}
}
bueno si me equivoque en algo avisa pero esencia es eso, ultimamente estado solo jugando y nada de programacion

bueno espero que te aya sido te ayuda adios

aqui esta el api
http://java.sun.com/j2se/1.5.0/docs/api/java/io/RandomAccessFile.html