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Puedes mover a tu disposicion el mouse, usando las librerias de java, te serviria si solo si haces un escritorio remoto. Ahora si quieres hacer un troyano primero debes aprender como usar C o C++ crear librerias, linkear con jni y en especial aprender el API de windows para poder capturar eventos del mouse para pasarselos a java.
Saludos

No necesariamente hacer un diagrama de flujo porque si lo haces es porque ya sabes como puede quedar el algoritmo, a lo que me refiria hacer un dibujo de lo que se pretende hacer, en mi caso dibuje un tablero de ajedres con numeros hasta el momento solo sumaba las diagonales principales, pero no podia sacar las otras diagonales (el minimo para sumar era 4) entonces empeze a dibujar por donde debia sumar y como? hasta que saque el ciclo for(en realidad 2) y luego de eso lo implemente a C (fue mi caso)
Bueno eso es un ejemplo de lo que me paso deberias dibujar que quieres que haga tu algoritmo.

Tengo un poco de flojera de trazar tu codigo, pero has intentado hacer un printf para ver que resulta en cada momento??
Intenta imprimir la cadena resultante y los valores de "i" y "y". Espero que te sirva
Saludos

Lamentablemente desde java no puedes modificar directamente la memoria RAM ni el Disco Duro, pero si es posible crear un programa aparte con JNI para que te permita hacer eso.
Saludos.

bueno en el caso anterior, si es valido usarlo antes no.
Disculpa por no darte una respuesta mas completa ahora debo estudiar.
Averigua como funcionan los listener.
Saludos

[eventosraton(evento); // y de movimiento de ratón]

Como que no lo pusiste 
eventosraton(evento);      // y de movimiento de ratón
y evento vale null
es necesario que llames la funcion explicitamente, los mismos componentes la llaman.
Asi borra esa linea, ejecuta tu programa y prueba que te sale.
Saludos

Por alguna razon  hiciste: "eventosraton(NULL)" en el contructor de la clase RastreadorRaton??

Me costo enterderlo un poco, pero lo que hace es duplicarse en si mismo.
Bueno como te dije en el post anterior puedes usar otras funciones y tu codigo se simplificara más
Excelente, sigue experimentando  y aprenderás.
Saludos

El seek cambia el puntero interno, del archivo si vas escribiendo byte por byte no es  necesario colocarlo explicitamente ya que tu escribes un byte y se mueve automaticamente al siguiente.
Ahora existen funciones para escribir y leer matrices completas de byte te suguiero que las averigues.
No entendi tu problema pero debes recordar que el byte 2 y el caracter '2' son distintos, si quieres ver binario te recomiendo un programa para ello y no un editor de texto.
Saludos

Revisa: http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/io/RandomAccessFile.html

xD
Consideraste los 100 bytes que te coriste??
tu for deberia quedar asi

Código (java) [Seleccionar] Expandir

for(int i = 0; i< fichero.length()-100; i++) {
     matrizBytes[i] = fichero.readByte();
}
System.out.println(matrizBytes);

Saludos