Hola, bueno como han dicho, usando la función system(), exec() o passthru() puedes ejecutar archivos del tipo:
Código [Seleccionar]
<?php
system("cd /tmp;./script.sh");
?>
Pero, eso si, php no es tan eficaz y rápido como uno quisiera con funciones de systema (ya que no es su propósito) asi que te podrìa aconsejar que usaras Perl, ya que es un lenguaje más interactivo con el sistema.