@leosansan, te dejo un truco de preprocesador que he usado mas de una vez aqui para limpiar la pantalla:
Código (c) [Seleccionar]
#ifdef __unix__ /* Estamos en *nix */
#define clscr() system("clear");
#elif defined __WIN32 /* Estamos en windows */
#define clscr() system("cls");
#else
#warning Missing clear screen function
#endif
/* En el codigo puedes usar clscr() tranquilamente para limpiar la pantalla */