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Al final mi problema estaba a la alineación de las particiones. Surgiendo al casi llenarse la partición destinada a datos. Me llama la atención que Mini Tool Partition Wizard 8.5 me dijera que las particiones estaban alineadas por lo que no podía corregirlas.
Se ha corregido liberando espacio para que chkdsk /f /r reasigne vínculos cruzados y alineando con Mini Tool Partition Wizard actualizado a la v.12. Posteriormente también ha sido necesario reasignar la letra de unidad para que sea visible.
Así que ya solo siento curiosidad por saber como funciona el cifrado por hardware. ¿hay que activarlo o es automático?

Es la primera vez que configuro una SSD  
Estaba convencido de haber leído que las A400 tenían cifrado por hardware y que este se hacía automaticamente al introducir el nombre de usuario y contraseña de Windows. Si no lo tienen mucho mejor.
¿cómo se realiza el cifrado en las que la tienen?
¿es automático o requiere configuración previa?
También había leído que el tamaño físico de los sectores es de 4096 bytes en todas las SSD y que el primer sector comienza en 64 y no en 63.
Aun así no creo que esto provoque que las particiones queden desaliniedas al pegar imágenes de Windows con R-Drive dentro de las particiones ya creadas.
(no instalo nunca Windows, pego en todos los ordenadores imágenes ya configuradas)
El caso es que he ejecutado Disk Alignment Test y veo que tengo desaliniedas las particiones de datos, no las de Windows.
Así que he probado a pegar datos en las particiones de Windows y voilá, se pueden leer en el resto de sistemas instalados.
Trataré de alienar las particiones no aliniadas a ver que sucede.
¿cómo he podido llegar a cometer este error?
En los discos mecánicos divido las particiones con los mismos tamaños y no tengo problemas.
Según Disk alignment test el primer sector de Kingston SSD A400 también es el 63 y no el 64. Además dice que el tamaño físico de los sectores es de 512 bytes y no 4096.
Las particiones las he formateado con tamaño de cluster a 4096.
De estar el problema en la alineación no puedo entender por qué los datos pegados en esta SSD trabajando como unidad USB externa se pueden leer sin problemas y los guardados como unidad interna no.

Compré 3 unidades SSD Kingston A400 y veo que tienen cifrado por hardware AES 256 bits.
Cuando los uso como un disco USB externo para guardar datos no hay problema para leer estos datos desde otros sistemas.
Pero cuando los uso como discos internos con un sistema operativo instalado en ellos, el resto de los sistemas operativos que tengo en otras particiones no pueden leer los nuevos datos guardados (descargas de Internet, documentos, etc.).
¿Es posible deshabilitar el cifrado de hardware?
Estoy mirando de cambiarlos por Maxtor Z1 SSD, pues no leo que tengan cifrado. ¿Me equivoco?
¿Conoces otros SSD que no tengan este molesto cifrado que me impide trabajar con mis archivos?
¿ninguno disco mecánico tiene cifrado no?
Gracias.

Edito:
Puedo estar equivocado, desde un DVD con Windows XP live PE veo y leo los archivos.
Pero desde otros Windows instalados en el disco, con los drivers sin configurar se ven símbolos estraños en los nombres de archivo, como si estuvieran corruptos.
No entiendo na...

He comprado varias unidades SSD Kingston A400.
Las voy a utilizar como disco del sistema en varios ordenadores.
En cada disco utilizo varias particiones con varios sistemas operativos.
Antes de ubicar el disco en el ordenador de destino he copiado los datos (programas y sistemas operativos) desde otro ordenador usado como fuente, conectando el Kingstom como disco externo por USB.
Una vez ubicado el disco dentro del ordenador de destino los sistemas operativos arrancan perfectamente y se pueden leer todos los programas copiados.
Ahora empiezo a trabajar con el sistema operativo 1 y descargo nuevos programas al disco duro.
Cuando voy a leerlos desde el sistema operativo 2 aparecen cifrados, con símbolos extraños.
Además cuando vuelvo al sistema operativo 1 se hace chkdsk automático con datos corruptos.
¿es posible deshabilitar el cifrado por hardware de Kingston?
He leido que utiliza AES 256 bits y que los datos solo se desencriptan si coincide el nombre de usuario del sistema operativo, utilizando su contraseña para la desencriptación automática.

Edito:
Puedo estar equivocado, he arrancado el ordenador desde un DVD con Windows XP live PE y entonces veo y leo los archivos.
Lo raro es que desde otros Windows recien instalados en el disco, con los drivers sin configurar no puedo. Cuando entro en una carpeta de archivos recien creados se ven símbolos estraños en los nombres de archivo, como si estuvieran corruptos

Edito 2:
Al final el problema estaba a la alineación de las particiones. Surgiendo al casi llenarse la partición destinada a datos.
Se ha corregido liberando espacio para que chkdsk /f /r reasigne vínculos cruzados y alineando con Mini Tool Partition Wizard 12. Posteriormente ha sido necesario reasignar la letra de unidad para que sea visible.
Más info aquí:
https://foro.elhacker.net/hardware/busco_discos_duros_ssd_sin_cifrado_por_hardwareno_puedo_leer_mis_archivos-t504251.0.html

Tras mucho comerme la cabeza con los diferentes modelos, variantes y conectores finalmente me he comprado el más vendido en el mercado.
El Kingstown A400. Hoy pasé por El Corte Inglés sin ánimo de comprar pero me encontré con que están más baratos que en todas las tiendas de Internet (si incluimos gastos de envío) así que pillé 3 unidades a 30€ las de 120GB y 39 la de 240GB.

Ahora me he quedado pillado con otras cuestiones de la fiabilidad.

La especificación dice que no se pueden usar en servidores ¿por qué? ¿y qué pasa?
En otros modelos de Kingstown sí se puede. ¡No encuentro ninguna información que me explique en qué se diferencian los diferentes modelos, salvo el precio y el tipo de celdas!

A la hora de formatear y escoger el tamaño del clúster ¿cual es el tamaño ideal en discos SSD?
Los discos mecánicos yo los formateo de la siguiente manera:
-Particion Sistema 4 KiB
-Partición Archivos variados 8 KiB
-Partición Música 16 KiB
-Partición Vídeos 32 KiB
¿puedo seguir utilizando mi sistema o mejor me paso a formatear todas las particiones a 4KiB?
Si no me equivoco los SSD en vez de sectores llevan bloques y todos tienen un tamaño físico de 4KiB ¿no?
¿qué es mejor para que el disco viva más? ¿notaré una perdida de velocidad con archivos grandes si particiono el cluster a 4KiB o puedo por esto quemar el disco?

si tienes internet decente busca una version "netinstall" estas versiones basicamene solo traen lo minimo para instalar y bajan lo necesario de internet durante la instalacion, no deben pasar de unos 500mb

aqui los de ubuntu por ejemplo
https://ubuntu.com/download/alternative-downloads

Gracias pero necesito sea "live CD" sin instalación pues es para poner en un ordenador al que le ha estropeado el disco duro.

Me gustaría saber cual es el fabricante más fiable para discos SSD. El que menos problemas da. Así en general, seguramente haya modelos más o menos fiables pero no busco un modelo muy caro. Por eso me gustaría decidirme por un fabricante.
Mi experiencia es mala con Kingstown, Sandisk así como con discos mecánicos Western Digital y Seagate antes de que esta comprara Maxtor. Desde que Seagate compró Maxtor no me ha fallado ninguno, igual que no me falló nunca ningún Maxtor.
También me gustaría saber vuestra opinión sobre que dura más, un SSD o un HHD.
Dicen que los SSD están limitados a 10 años ¿pero son 10 años de uso o de vida útil? 10 años de uso es mucho más de lo que suelen durar los HHD.
Gracias.

¿conocéis alguna distribución en live CD que esté actualizada?
He buscado varias pero la versión que ofrecen en CD es anterior al 2014.
No me valen en DVD pues donde estoy no tengo ningún disco para grabar.
Solo tengo CD virgen y un lápiz USB de 2 GiB.
(la tienda queda lejos y estamos en confinamiento covid-19)
Gracias.

¡Finalmente el disco a muerto!
Cada vez que le he pasado una utilidad para tratar de recuperar el disco este ha ido a peor. No puedo encontrar una culpable. Al pasar estas por ciertas zonas del disco se escuchaba un ruido hilarante, significado probable de que el plato de giro está descompensado. Al utilizarlas abarcando toda la superficie del disco este se acabó de estropear.
Ahora mismo no pasa de una velocidad de 3 Mb/s
¡Descanse en paz!

Western Digital Green WD10EADS falleció en Windows NTFS con tan solo 6 meses de uso según S.M.A.R.T.

Moraleja: si el ordenador va lento verificar porcentaje de uso del disco duro en Windows y verificar sectores con Victoria u otro. El test de velocidad de HD Tune me daba correcto, cuando el disco era del sistema.

Gracias por los consejos @crazykenny, @@XSStringManolo y @ma343rio.
He comprobado que la partición de Windows tenía 2 millones de archivos (entre los de w10 y una carpeta llamada Windows.old de WinSiete que se renombró al instalar w10).
Gran parte de estos archivos se estaban indexando y otra parte se estaba enviando a OneDrive (el cual activé por error). He realizado limpieza manual eliminando todo lo superfluo y desactivado OneDrive, ganando algo de velocidad. Posteriormente he procedido a desfragmentar las particiones y entonces ya "solo" tengo que esperar media hora después del que sistema arranque para que vaya casi fluido, pero sigue mal.
Nota: Me ha sorprendido que Windows 10 diga que las particiones están 0% desfragmentadas antes del primer análisis o desfragmentación (esto por supuesto que no es así).

Finalmente me he decidido a extraer el disco duro y hacer las cosas bien desde el principio, así que lo he conectado a otro ordenador con Windows XP desde el cual:
-He vuelto a realizar el test con HD Tunes y ahora el rendimiento se muestra a saltos, con altibajos entre 0 y 107 MiB de velocidad (antes, cuando lo probaba como parte del sistema, daba un resultado correcto)
-He realizado el test con Victoria y muestra bastantes delay tardando más de lo normal.
Nota el disco es Western Digital y SMART marca 6 meses de uso en total.
-He formateado a bajo nivel con HDD Low Level Format Tool de HDD Guru, tardando mucho más de lo normal.
-He vuelto a Victoria y sigue igual de mal.
La experiencia me dice que escribir con ceros no soluciona ningún problema y que únicamente podría ser útil para borrar los sectores de arranque y la zona del disco duro en la que se acumula el índice NTFS (al margen de la privacidad).
-Por lo que he pasado a ejecutar HDD Regenerator de Dmitryi Primochenko. Supuestamente el programa remagnetiza ciertos sectores y otros los recupera o los mapea. Ha encontrado 103 defectuosos y miles de delay tras diez horas en las que solo ha llegado al 10% pero a partir del 6% parece no encontrar más errores por lo que lo he parado (estoy convencido que las zonas de fallo en discos se producen en donde NTFS rescribe el índice una y otra vez)
-Ejecutándolo una segunda vez ahora el programa va muy rápido y no encuentra ningún delay pero siguen estando los 103 sectores defectuosos dentro de ese 6%.
Nota: Aquí cuidado, se fue la luz en pleno proceso y con esto se convirtió en disco dinámico, si hubiera tenido datos se hubieran perdido.
Doy por hecho que se han remagnetizado los delay (al menos los que se mostraban en gris) y que el disco ahora va rápido.
Por precaución para usarlo realizaré una partición en la zona inicial del disco que contiene los sectores defectuosos y la anularé. Instalando Windows y los datos en posteriores particiones.

¿conocéis que realizan las funciones del Victoria que parecen parecidas a HDD Regenerator?
Me refiero al realizar el test en Victoria marcando "erase" o "remap" ¿en este caso que sectores se borran o remapean?¿solo los que están totalmente inservibles o también los que muestran cierto delay?