Lo tuyo lo llamo oldschool coding xD (usease... todo en uno xD)... yo te recomendaría que separases pero no uno para cada sino que los mas importantes...por ejemplo uno para la administración otro para los contenidos, y uno general con las funciones...
Para el diseño te recomiendo que mires lo que son los templates, pues te ayudaran mucho.
Saludos
Para el diseño te recomiendo que mires lo que son los templates, pues te ayudaran mucho.
Saludos