El build por defecto no maneja archivos cifrados. Es una opción opcional (xD) que se usa solo cuando compilas PHP con una librería externa de sqlite3 (como puede ser SQLCipher).
https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlcipher/bXfk7yoVMNc
LAS DUDAS DE PHP VAN AL SUBFORO DE PHP.
Saludos
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