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Si utilizas arrays "a pelo" todas las operaciones que has indicado anteriormente las haces de forma manual como te han indicado anteriormente, sin embargo en Java  el Collections Framework te permite manipular listas y arrays de una forma muy fina, por ejemplo usando clases como Arrays y Collections puedes realizar muchas de las operaciones comunes sobre listas simples (arrays) Mapas y listas doblemente enlazadas. Todas estas clases se encuentran en la distribución estandar de Java en el paquete "java.util". Reviza los JavaDocs disponibles.

Agarra un libro de Algoritmos, teoria de Grafos o uno de Heuristicas.

Acumular lenguajes no sirve si no sabes resolver problemas.

Una de las mejores respuestas sin duda.

Window Builder te vale para aplicaciones SWT y Swing desde eclipse, su uso es muy intuitivo (drag and drop).
La mejor forma de aprender un IDE, es navegando por sus opciones y viendo que es lo que hacen. No busques manuales para usar eclipse, busca manuales para aprender a programar.

scripting: javascript y Python
OO: C++, Java y Ruby

Utiliza el búscador de este sitio, efectivamente necesitas aplicar un parche para que aircrack-ng ajuste correctamente el canal de la tarjeta en modo monitor y dicho problema se ha comentado con anterioridad en este foro.

En Python, las identaciones son importantes, ya que determinan el comienzo y fin de determinadas instrucciones, a diferencia de lenguajes como C/C++,Pascal en los que utilizas {,} BEGIN,END....
Es comun encontrar ese tipo problemas en lenguajes como Python. Intenta identar tu código de forma ordenada para que te funcione correctamente.

de pago?
No sé donde has escuchado eso, pero no es correcto.

http://java.sun.com/j2ee/overview.html

En mi opinión es muy difícil dañar físicamente un servidor con un ataque, aunque fuera un ataque DDoS muy grande, he visto servidores con cargas de 100 durante horas, y se quedan literalmente fritos, no responden, pero los reinicias y siguen funcionando como si nada hubiera pasado.

+10
Completamente de acuerdo.

GIT (como ya sabras) es un repositorio de código no centralizado, quieres compartir tus modificaciones con la opción "push", vale, no hay problema... personalmente no he tenido mayores inconvenientes en su uso (excepción de conflictos con braches y commits realizados, pero ningun problema en solventarlos). Creo que utilizar un repositorio como GIT, Monotone o SVN es mucho mejor (y practicamente un deber en proyectos donde participan varias personas) que subir ficheros por FTP donde facilmente podras machacar los cambios de tus colegas.

El modelo arquitectural.
SE esta pensada especialmente para entornos de escritorio, por ello cuenta con las utilidades básicas para la creación de aplicaciones con Swing/AWT/SWT y manipulación de Threads, Sockets, etc.
EE esta pensada especialmente para entornos empresariales donde podrian co-existir aplicaciones web, servidores, bases de datos, clusters, etc. Por ejemplo, una de las caracteristicas que se encuentra disponible en la edición EE es el uso de servicios web para el envio de mensajes SOAP, tambien tienes tecnologias robustas como JSF, EJB y JPA.... La diferencia radica en que existen muchas más API que manejar y el nivel de complejidad, evidentemente es mucho mayor.