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cuando se instala un sistema desde 0 sobre una particion solo se hace cambios sobre ella. Los demas discos y particiones no se modifican a menos que sean los que contienen el mbr (y no es el caso).

a menos que vayas a usar algo de la instalacion antigua, yo te recomendaria formatear y borrar todo en la particion donde instales de modo que no quede Windows.old

yo de ti probaria y me quedaria con el que prefiera, no se que le veras de malo a xfce pero cada uno tiene sus gustos, en el fondo puedes hacer "mas o menos" lo mismo con todos los entornos de escritorio. si pones gnome fijate que no sea el 3.0 con shell y todo a pleno rendimiento (una extension llamada gnome classic hace eso por ti en teoria).

tendrias que comprobar la version de pci de tu placa base, si es la que dices quizas no son compatibles. (pone que es 3.0)

Tambien podria ser que no le llegue suficiente energia con esa fuente pero para arrancar la bios al menos deberia tener creo yo.

no xD  me refiero a que en cuanto conectas el servidor de dhcp al switch éste anula el servicio

aunque ahora leo mejor y si entiendo bien, dices que la maquina en cuestión la que da problemas parpadea más lenta? entonces es distinto de lo mio. mirando por ahi he encontrado esto

Slow blinking green (2 sec)
   
Online but segmented (loopback cable or incompatible switch).

pero vete a saber, es de otro aparato, aunque quizas te ayuda.