Hola, si puedes hacer funcionar un archivo jsp en un servidor apache es porque no es un apache http server normal, debe ser un apache tomcat y esas versiones ya no usan archivos htaccess, los archivos de configuración para los permisos y accesos están en el archivo web.xml.
Dale un vistazo acá: http://www.avajava.com/tutorials/lessons/how-do-i-use-basic-authentication-with-tomcat.html
Saludos.
Dale un vistazo acá: http://www.avajava.com/tutorials/lessons/how-do-i-use-basic-authentication-with-tomcat.html
Saludos.