No estoy muy puesto en la materia, pero lo que si se es que los ordenadores cuánticos lo único nuevo que aportan es una gran capacidad de cálculo.
Por un lado se podría intentar volver más complejo el cifrado; intentando dejar "no funcional" la capacidad de cálculo de los ordenadores cuánticos.
Otra opción sería tirar de imaginación (no me preguntéis cómo) volver inútil esa inmensa capacidad de cálculo.