Hay que estar seguros como funciona javascript. Ten en cuenta que cuando se carga el DOM de tu doc HTML ($(document).ready(function(){})) sólo tienes agregado el primer par de inputs y es ahí, dónde, el plugin carga los calendarios sólo en éstos mismos (todos los input que tengan la clase CSS que especificas).
Entonces, yo te recomendaría lanzar el plugin a dichas clases CSS cuando ya tengas dibujado todos los par de inputs que necesitas aplicar el efecto. O en su defecto, tal cómo lo hiciste, que es cada vez que crees unos nuevos.
Entonces, yo te recomendaría lanzar el plugin a dichas clases CSS cuando ya tengas dibujado todos los par de inputs que necesitas aplicar el efecto. O en su defecto, tal cómo lo hiciste, que es cada vez que crees unos nuevos.