Usa un livecd de gparted y elimina la tabla de particiones del pendrive o disco externo para luego crear una nueva. Y por ultimo crea la/s particion/es que quieras con sistema de archivos ntfs. Si el gparted no te permite hacer eso en pendrive o disco externo entonces mucho me temo que habrán pasado a mejor vida.
Saludos...
Songoku
Saludos...
Songoku