Usa el virtualdub y el filtro 'logo (1.3 beta 4)' para poner una pequeña imagen negra o blanca o del color que quieras que tape esa parte del video que deseas. Incluso si esa parte no necesita ser tapada durante todo el video sino solo durante cierto tiempo tambien el citado filtro tiene esa opcion. Puedes bajar el virtualdub en español que incluye el filtro 'logo (1.3 beta 4)' de mi firma. Pero ojo no confundas este filtro con el filtro 'logo' a secas.
Saludos...
Songoku
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Songoku